Energie Wasser Bern führt zwei Ökofonds: Der «Ökofonds für erneuerbare Energie» umfasst die aktive Förderung der Produktion und des Vertriebs von erneuerbaren Energien sowie die finanzielle Unterstützung von Projekten zur Steigerung der Energieeffizienz. Der «Ökofonds naturemade Energie Wasser Bern» setzt sich für Lebensraumaufwertungen ein.